La organización escolar es vital para crear un ambiente real de aprendizaje, actualmente existen diferentes metodologías que rompen con la organización tradicional. La organización escolar que fomenta la nueva ley Orgánica de Educación para la Mejora de la Calidad Educativa (LOMCE) es un modelo individualista, cerrado donde los intereses y ritmos de aprendizaje del alumnado no tienen cavidad. En resumen podemos decir que la organización quedaría:

Cuando hablamos de organización escolar estamos hablando de la ordenación de los espacios, los tiempos, el personal del centro, esto explica el gran aumento de estudios que se han realizado en este campo y el aumento de nuevas metodologías que rompen con esta estructura tradicional. Un ejemplo de ello serían las comunidades de aprendizaje que abren el centro y la educación a la comunidad educativa, dando lugar a que el alumnado sea un sujeto activo de su propio aprendizaje, pero esta es solo un ejemplo de las metodologías por las que están optando numerosos centros al no aceptar que el centro escolar es un sitio regido por un libro escolar, donde el profesor es la fuente de conocimiento y el alumnado es un mero receptor. Estas nuevas metodologías se basan en estudios fundamentados en la forma en la  que el cerebro aprende, es decir: 

Para conseguir que se activen estos tres procesos es importante que el alumnado se sienta participe de su propio aprendizaje y que este parta de sus intereses y necesidades. Por todo ello, métodos nuevos como Aprendizaje Basados en Proyectos, Gamificación, Aprendizaje Basado en Retos, etc., son cada vez más populares ya que mejoran los niveles de aprendizaje del alumnado y les ayudan a desarrollar competencias tanto profesionales como personales.